Trong số 14 bị cáo tại vụ án này, bị cáo Nguyễn Năng Mạnh (cựu Chủ tịch HĐQT Công ty cổ phần Dược phẩm MediUSA; Giám đốc Công ty cổ phần Dược phẩm MegaPharco; Phó Giám đốc Công ty MediPhar; cổ đông sáng lập Công ty cổ phần Hóa dược Hùng Phương) bị đưa ra xét xử về 3 tội danh gồm: “sản xuất, buôn bán hàng giả là lương thực, thực phẩm, phụ gia thực phẩm”; “vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”; “đưa hối lộ”.
Bị cáo Đỗ Mạnh Hoàng (Giám đốc Công ty MediPhar) và Khúc Minh Vũ (Giám đốc Công ty Việt Đức) cùng bị truy tố về các tội “sản xuất, buôn bán hàng giả là lương thực, thực phẩm, phụ gia thực phẩm” và “vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.
Các bị cáo Nguyễn Thế Việt (cựu Phó Cục trưởng Cục Giám sát quản lý về Hải quan); Nguyễn Hữu Tuân (cựu Phó Trưởng phòng Giám quản 5, Cục Giám sát quản lý về Hải quan) và Phan Công Chiến (cựu Trưởng phòng Quản lý kinh doanh dược, Cục Quản lý dược, Bộ Y tế) bị truy cứu về tội “nhận hối lộ”.
Bị cáo Nguyễn Danh Dũng (cựu cán bộ Cục Cảnh sát phòng, chống tội phạm về môi trường - C05, Bộ Công an) bị truy tố về tội “cố ý làm lộ bí mật công tác”.
Theo hồ sơ vụ án, từ năm 2016 đến năm 2025, Nguyễn Năng Mạnh cùng Đỗ Mạnh Hoàng và Khúc Minh Vũ đã thành lập, điều hành nhiều doanh nghiệp, trong đó có MediUSA và MediPhar, để tổ chức sản xuất, kinh doanh thực phẩm chức năng và thực phẩm bảo vệ sức khỏe giả.
Viện Kiểm sát xác định nhóm bị cáo đã xây dựng một quy trình hoạt động khép kín, từ việc thành lập nhà máy, đăng ký công bố sản phẩm, sản xuất đến phân phối trên phạm vi cả nước. Các hành vi vi phạm được thực hiện có tổ chức, kéo dài nhiều năm với thủ đoạn tinh vi nhằm che giấu sai phạm.
Để hợp thức hóa hoạt động, các bị cáo đã chi tiền cho các đoàn thẩm định, kiểm tra nhằm tạo điều kiện để nhà máy được cấp chứng nhận đạt chuẩn GMP, đồng thời thực hiện nhiều sai phạm trong quá trình đăng ký hồ sơ công bố sản phẩm trước khi đưa ra thị trường.
Cơ quan tố tụng xác định, tổng doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của MediUSA và MediPhar đạt khoảng 1.762 tỷ đồng. Trong số đó, 88 sản phẩm được giám định là hàng giả, mang lại doanh thu hơn 539 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, nhóm Nguyễn Năng Mạnh xây dựng một hệ thống kế toán “2 sổ” để che giấu doanh thu và trốn nghĩa vụ thuế. Theo đó, từ năm 2021 đến năm 2024, Mạnh cùng 2 đồng phạm phân công kế toán, thủ quỹ lập đồng thời 2 hệ thống sổ sách. Một hệ thống được sử dụng để kê khai thuế, chỉ ghi nhận doanh thu có hóa đơn, chứng từ. Hệ thống còn lại theo dõi toàn bộ doanh thu thực tế phát sinh nhưng không kê khai với cơ quan chức năng.
Kết quả điều tra xác định, tổng doanh thu thực tế của 4 doanh nghiệp gồm MediPhar, MediUSA, Hùng Phương và MegaLife lên tới hơn 2.155 tỷ đồng. Tuy nhiên số doanh thu được kê khai thuế chỉ hơn 363 tỷ đồng, trong khi hơn 1.792 tỷ đồng bị để ngoài sổ sách kế toán.
Theo cáo trạng, hành vi này gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước hơn 304 tỷ đồng tiền thuế. Sau khi loại trừ phần liên quan đến hàng giả, số thiệt hại về thuế còn hơn 143 tỷ đồng. Để duy trì hoạt động của đường dây, Nguyễn Năng Mạnh còn bị cáo buộc nhiều lần đưa hối lộ cho một số cán bộ có chức vụ trong lĩnh vực hải quan và quản lý dược nhằm được tạo điều kiện khi thẩm định nhà máy, thông quan nguyên liệu, đồng thời tiếp cận thông tin khi doanh nghiệp bị kiểm tra.
Theo cơ quan công tố, việc móc nối với cán bộ có chức vụ giúp đường dây sản xuất thực phẩm chức năng giả hoạt động trong thời gian dài với quy mô lớn trước khi bị phát hiện, triệt phá.
Để thuận lợi trong việc nhập khẩu nguyên liệu, thông quan hàng hóa và đăng ký công bố sản phẩm, Nguyễn Năng Mạnh đã nhiều lần đưa tiền cho cán bộ thuộc các cơ quan quản lý nhà nước.
Trong đó, Nguyễn Hữu Tuân bị cáo buộc trực tiếp thỏa thuận và nhận 1,5 tỷ đồng từ Mạnh, sau đó chuyển 800 triệu đồng cho Nguyễn Thế Việt nhằm tạo điều kiện để Công ty Hùng Phương nhập khẩu, thông quan 4 lô nguyên liệu thực phẩm chứa chất Chondroitin Sulfate Sodium không đúng quy định.
Nguyễn Thế Việt bị xác định đã nhận 800 triệu đồng để chỉ đạo ban hành văn bản tạo điều kiện cho doanh nghiệp hoàn tất thủ tục nhập khẩu các lô nguyên liệu nêu trên.
Trong khi đó, Phan Công Chiến bị cáo buộc nhận 50 triệu đồng từ Nguyễn Thế Việt để tham mưu ban hành văn bản trả lời theo hướng có lợi cho doanh nghiệp trong quá trình xử lý hồ sơ liên quan đến nguyên liệu nhập khẩu.
Đối với Nguyễn Danh Dũng, cơ quan tố tụng xác định, bị cáo đã tiết lộ cho Nguyễn Năng Mạnh biết việc 6 công ty trong hệ thống đang bị cơ quan chức năng xác minh, đồng thời hướng dẫn cách thu hẹp hoạt động sản xuất, rà soát sổ sách, tiêu hủy tài liệu liên quan đến các khoản chi ngoài sổ sách nhằm đối phó với hoạt động điều tra.
Nguyễn Danh Dũng bị cáo buộc đã nhận 30 triệu đồng từ Nguyễn Năng Mạnh. Đây là căn cứ để cơ quan tố tụng truy tố bị cáo Dũng về tội “cố ý làm lộ bí mật công tác”.